Năm 1545, Nguyễn Kim mất, con rể của Nguyễn Kim là Trịnh Kiểm đã thu hết quyền hành về mình. Manh nha của chính quyền vua Lê - chúa Trịnh bắt đầu xuất hiện kể từ đó, nhưng dẫu sao thì địa vị của vua Lê cũng không đến nỗi quả kém cỏi. Các vua nối tiếp như Lê Trung Tông (1548 - 1556), Lê Anh Tông (1556 - 1573) và Lê Thế Tông (1573 - 1599), tuy bị chúa Trịnh (trước là Trịnh Kiểm, sau là Trịnh Tùng) ra sức lấn át, thậm chí là bị giết (như trường hợp chúa Trịnh Tùng giết vua Lê Anh Tông năm 1573) nhưng tiếng nói của Hoàng đế vẫn còn có người nghe và về hình thức, chính quyền vẫn là một mối, đứng đầu là vua Lê. Sau khi đã đè bẹp được những lực lượng chủ yếu nhất của Nam triều (1592), uy danh của Trịnh Tùng trở nên lừng lẫy, vua Lê Thế Tông trẻ tuổi và lắm bệnh tật, bị coi thường, thi thoảng, Trịnh Tùng chỉ hỏi qua đôi việc cho có lệ mà thôi. Năm 1599, vua Lê Thế Tông lâm bệnh nặng và mất vào ngày 24 tháng 8, thọ 32 tuổi. Bốn tháng trước khi vua Lê Thế Tông mất, Trịnh Tùng tìm đủ mọi cách để thúc ép nhà vua phong tước vương cho mình, và ngay sau khi được phong, Trịnh Tùng đã tự ý lập phủ đệ riêng. Thực trạng cung vua phủ chúa bắt đầu có kể từ đó. Sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục (Chính biên, quyển 30, tờ 27 và 28), đã ghi chép sự kiện này, đồng thời viết thêm 

Lời phê và Lời cẩn án như sau:

"Bởi có quyền uy ngày một cao cả, Tùng muốn được phong danh vị tước Vương, bèn sai người vào xin với Nhà vua. Vua bất đắc dĩ mà phải y cho, sai quan Thái tể là Hoàng Đình Ái đem sách thư đến, phong Tùng làm Bình An Vương, lại ban thêm cả Ngọc Toản (tức cái chén của vua dùng để rót rượu tế - ND), Mao Tiết (lá cờ nhà vua dùng khi có việc phải xuất hành, ở đầu cán có ngù, tết bằng lông - ND) và Hoàng Việt (là cái búa vàng, vật nhà vua dùng khi đi đánh dẹp - ND). Tùng được mở phủ chúa và lập bộ máy quan lại riêng. Từ đấy, chính sự trong nước do Tùng quyết định, của cải, thuế khóa và quân lính... hết thảy đều dồn vào phủ chúa. Phần vua Lê chỉ có một ngàn xã làm bổng lộc, gọi là thượng tiến, quân lính túc trực và hộ vệ trong nội điện chỉ có 5000 người, 7 thớt voi và 20 chiếc thuyền rồng. Nhà vua chỉ còn mặc áo long bào, cầm hốt ngọc để nhận lễ triều yết mà thôi.. Tùng nhận sách phong xong thì vào triều lạy tạ vua Lê. Khi về phủ chúa, trăm quan đều lạy mừng, Tùng mở đại yến và ban thưởng tiền, lụa cho quan lại, kẻ nhiều người ít khác nhau. Họ Trịnh đời đời được tập phong tước Vương là bắt đầu từ Tùng vậy.  

Lời phê: Nhà Lê lúc bấy giờ cũng chẳng khác gì nhà Chu (Trung Quốc - ND), chỉ ngồi giữ ngôi (chứ chẳng có quyền lực gì). Khi ấy, bề tôi đầy cả một triều đình, vậy mà không hiểu tại sao lại để sự tệ hại chất chứa đến như thế.

Lời cẩn án: Từ khi Tùng làm việc bạo ngược là giết vua (nói việc Trịnh Tùng giết vua Lê Anh Tông - ND), sách này chỉ chép là Trịnh Tùng không mà thôi, tất cả quan tước của hắn đều bị tước bỏ. Đến đây, hắn còn cả gan xưng Vương, thì không còn lời chê trách nào nặng nề hơn được nữa, bèn tước bỏ họ của hắn (là Trịnh, rồi chỉ chép tên là Tùng nữa thôi)”. 

Lời bàn:

Các sử gia xưa nặng lời phê phán các chúa Trịnh nói chung và Trịnh Tùng nói riêng. Lời phê ấy quả là không sai, nhưng bảo là đúng thì cũng chưa hẳn. Khởi đầu, Nguyễn Kim tôn lập Lê Ninh lên ngôi, ấy là vua Lê Trang Tông, chẳng qua cũng chỉ vì Lê Ninh đích thị là dòng dõi nhà Lê mà thôi. Vả chăng, các vua Lê lúc bấy giờ đều trẻ người non dạ, lo cho riêng thân còn chưa được, huống chi chuyện lo cho giang sơn xã tắc? Vua Lê dẫu có muốn thực sự làm vua cũng chẳng được. Trông cậy vào các quan ư? Trên đời này, chẳng có gì nhục nhã bằng việc phải quỳ lạy những kẻ kém cỏi hơn mình, cho nên, xin hãy rộng lòng thể tất cho các quan thuở trước. Sử gia xưa chê Trịnh Tùng lộng quyền, quả có thế thật, nhưng nếu không như vậy, chưa dễ đã có vua Lê, cho dẫu là ngôi suông. Thời loạn, mọi sự không thường đều là sự thường đó thôi.

(Theo Việt sử giai thoại của Nguyễn Khắc Thuần)