Chùa đã bị phá hủy phần lớn vào năm 1947. Nhiều hạng mục công trình mới được khôi phục lại trong thời gian gần đây.

Tuy vậy, nhiều dấu tích của ngôi chùa cổ vẫn được lưu giữ, như những bức tường làm bằng đá xếp chồng lên nhau.

10 tượng thú bằng đá cao 1m vẫn được giữ gìn, gồm sư tử, voi, tê giác, trâu, ngựa, mỗi loại hai con, nằm trên bệ hoa sen tạc liền bằng những khối đá lớn. Chúng được tạo tác trong thế chầu phục để thể hiện sự cảm hóa của Phật pháp.

Tòa Tam bảo là nơi đặt tượng Phật A Di Đà bằng đá xanh làm từ thời Lý, được coi là báu vật quốc gia của Việt Nam.

Ngay dưới chân tượng là tầng hầm, nơi trưng bày nền móng đại bảo tháp nổi tiếng của thời Lý mới được khai quật. Dựa vào diện tích gần 100m2 của nền móng, các chuyên gia ước tính ngọn tháp cao khoảng 42m..

Sau tòa Tam bảo là vườn tháp với 32 ngôi bảo tháp là nơi cất giữ xá lị của các bậc chư Tổ, chư Tăng đã viên tịch tại chùa. Phần lớn các tòa tháp được dựng vào thế kỷ 17. 

Vườn hoa mẫu đơn ở sân chùa, nơi xảy ra câu truyện Từ Thức gặp tiên đã được phỏng dựng. Theo câu chuyện này, Từ Thức đi xem hội hoa mẫu đơn, gặp Giáng Tiên bị bắt trói vì tội hái trộm hoa. Từ Thức bèn cởi áo xin tha cho tiên nữ. Sau Từ Thức từ quan đi du ngoạn các danh lam thắng cảnh, đến động núi ở cửa biển Thần Phù gặp lại Giáng Tiên...

Trên đỉnh núi đặt Đại Phật tượng A Di Đà, cao 27m, thực hiện theo nguyên mẫu bảo tượng A Di Đà trong chùa.  Công trình được khánh thành vào dịp mừng Đại lễ 1.000 năm Thăng Long - Hà Nội năm 2010 và là pho tượng Phật bằng đá lớn nhất Đông Nam Á tính đến thời điểm hiện tại.