Trưa 14/8, Thiếu tướng Tô Ân Xô, Chánh Văn phòng kiêm người phát ngôn Bộ Công an xác nhận, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiến hành điều tra vụ án Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.

Ngày 12/8, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh khám xét và áp dụng biện pháp ngăn chặn tạm giam 4 bị can về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” theo điều 219 Bộ luật Hình sự 2015, gồm:

Ông Đinh La Thăng, nguyên Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải (hiện đang chấp hành hình phạt tù trong vụ án khác).

Ông Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Chủ tịch hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.

Ông Nguyễn Chí Thành, nguyên Vụ phó Vụ Tài chính Bộ Giao thông vận tải, Ủy viên hội đồng bán đấu giá.

Ông Lê Trung Cường, Chuyên viên Vụ Tài chính Bộ Giao thông vận tải, thành viên Tổ Thường trực giúp việc hội đồng bán đấu giá.

Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các Quyết định và Lệnh nêu trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh đối với các bị can theo đúng quy định pháp luật. Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục điều tra triệt để, mở rộng vụ án và áp dụng các biện pháp theo luật định để thu hồi tài sản cho Nhà nước.

Ông Nguyễn Hồng Trường sinh năm 1957, từng làm Phó Chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An; Tháng 4/2007, ông được Thủ tướng bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải và giữ chức này đến năm 2017.

Ông Trường nghỉ hưu từ ngày 1/8/2017.

Ngày 16/7/2019, Ban Bí thư đã quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Hồng Trường, nguyên Uỷ viên Ban cán sự đảng, nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông - Vận tải:

Theo đó, Ban Bí thư kết luận, trong thời gian giữ cương vị Uỷ viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng, Trưởng Ban Chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ Giao thông - Vận tải, ông Trường cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ Giao thông - Vận tải.

Ông Trường cũng phải chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hoá, thoái vốn Nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ Giao thông - Vận tải, đề nghị Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hoá, cho cổ phần hoá… không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hoá, quản lý vốn tại các doanh nghiệp; Thiếu kiểm tra, để các doanh nghiệp được phân công phụ trách vi phạm, khuyết điểm gây thất thoát tài sản của Nhà nước.

Quá trình kiểm điểm, ông Nguyễn Hồng Trường đã nhận thức rõ vi phạm và trách nhiệm của mình trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.

Vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Hồng Trường là nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, ngành Giao thông - Vận tải và cá nhân ông Trường.

Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/12/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm; Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả các vi phạm và quá trình công tác, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật ông Nguyễn Hồng Trường bằng hình thức cách chức Uỷ viên Ban cán sự đảng Bộ Giao thông - Vận tải nhiệm kỳ 2011 - 2016, 2016 - 2021.

Đồng thời, Ban Bí thư yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về hành chính đối với ông Nguyễn Hồng Trường đồng bộ với xử lý kỷ luật về Đảng.

Đến tháng 9/2019, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường, do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.