Cái tên Vatican có trước khi Kitô giáo ra đời, xuất phát từ chữ La tinh Mons Vaticanus, nghĩa là ngọn đồi Vatican.

Thành quốc Vatican và Tòa Thánh là hai thực thể riêng biệt. "Vatican" là thuật ngữ thường để chỉ lãnh thổ của một quốc gia, gắn bó mật thiết với thành phố Roma, văn kiện chính thức được ban hành bằng tiếng Ý và cấp hộ chiếu phổ thông cho công dân của mình. 

"Tòa Thánh" là thuật ngữ bao hàm ý nghĩa rộng lớn trên khía cạnh tôn giáo và cơ cấu điều hành trên 1,2 tỷ tín hữu trên thế giới, văn kiện chính thức được ban hành chủ yếu bằng tiếng Latin và cấp hộ chiếu ngoại giao và công vụ.

Theo Hiệp ước Latêranô, một số tài sản của Tòa Thánh nằm trong lãnh thổ Ý, nổi tiếng nhất là lâu đài Gandolfo và Thánh đường Phêrô, được trao quy chế lãnh thổ bên ngoài tương tự như các đại sứ quán. 

Giáo hoàng là Quốc trưởng và là lãnh đạo chính phủ của Thành quốc Vatican, là vị vua không truyền tử, vua chuyên chế duy nhất tại châu Âu, nắm quyền lực tuyệt đối, bao gồm cả quyền lập pháp, hành pháp và tư pháp đối với Vatican.

Giáo hoàng đồng thời là Giám mục Giáo phận Rôma và là nhà lãnh đạo Tòa Thánh và Giáo hội Công giáo Rôma. Khi Tòa thánh trống ngôi, một Mật nghị Hồng y gồm các Hồng y dưới 80 tuổi được triệu tập để bầu giáo hoàng mới.

Dưới Giáo hoàng, những người đứng đầu là Thủ hiến (đồng thời là Chủ tịch Ủy ban lễ nghi), Quốc vụ khanh (đồng thời đóng vai trò ngoại trưởng) và Chưởng ấn Vatican, tất cả đều được Đức Giáo hoàng bổ nhiệm, cũng như có thể bị cách chức bởi Ngài bất kì lúc nào. 

Vatican có quân đội nhỏ nhất (khoảng trên 100 người, được huấn luyện bài bản, có sức mạnh, kỷ cương và là những tay thiện xạ), được thành lập từ năm 1506.

Vatican có con tem, hộ chiếu, bảng số xe, quốc kỳ và quốc ca riêng, nhưng tiền tệ là đồng Euro. Vatican có ga xe lửa với tổng chiều dài chỉ hơn 800 m, nhưng không có hệ thống thuế.

Tranh cãi giữa Ý và giáo hội công giáo tại Vatican chấm dứt năm 1929 với thỏa thuận Lateran Pacts, để Vatican độc lập với khoản tiền được chi là 93 triệu USD - nền tảng ngân khố quốc gia.