Khi bị bệnh ở mắt, cần đi khám để bác sĩ chỉ định dùng thuốc đúng.
Trong các tổn thương tại mắt, các bệnh viêm có kèm nhiễm khuẩn rất phổ biến. Đó là các nhiễm khuẩn trực tiếp hoặc bội nhiễm do vi khuẩn. Vì vậy, kháng sinh là thuốc được sử dụng nhiều trong nhãn khoa.
Trong điều trị các bệnh ở mắt, tùy vào các tổn thương của mắt mà kháng sinh có thể được sử dụng tại chỗ, dưới kết mạc, trong tiền phòng hay toàn thân. Hầu hết các viêm nhẹ như viêm kết mạc và loét giác mạc nông thì chỉ cần dùng thuốc kháng sinh tra, nhỏ tại chỗ. Còn đối với các trường hợp nặng như nhiễm trùng nội nhãn, hốc mắt, viêm kết mạc nặng (viêm kết mạc do lậu cầu hay loét giác mạc nặng) thì cần phải sử dụng thuốc kháng sinh đường toàn thân (uống), đặc biệt trong nhiễm khuẩn nội nhãn nặng và một số loét giác mạc dùng kháng sinh uống phối hợp với tiêm dưới kết mạc... Tiêm kháng sinh vào buồng dịch kính ngày nay được chỉ định nhiều hơn trong điều trị viêm nội nhãn do vi khuẩn.
Khi chọn lựa kháng sinh và đường đưa thuốc cần phải tính đến độ thẩm thấu của thuốc vào tổ chức bị nhiễm khuẩn. Điều này đặc biệt cần thiết trong các nhiễm khuẩn nội nhãn vì nhiều loại kháng sinh không xuyên qua được hàng rào máu - thủy dịch khi dùng dạng tra hoặc toàn thân. Cloramphenicol, ampicilin, cephazolin, sulfonamid và kháng sinh nhóm quinolon là những kháng sinh có thể thấm xuyên vào thủy dịch tốt sau khi dùng toàn thân.
Giống như điều trị kháng sinh toàn thân, việc sử dụng kháng sinh tại mắt cũng có thể gặp nguy hiểm như mẫn cảm hoặc dị ứng với thuốc, tổn hại do độc tính của thuốc, kháng thuốc và thay đổi cân bằng vi sinh vật tại mắt. Sự thay đổi vi khuẩn chí ở kết mạc thường xảy ra sau khi sử dụng kháng sinh tra mắt kéo dài làm tăng nấm ở túi kết mạc.
Dùng kháng sinh nhóm aminoglycosid cần thận trọng vì chúng gây độc cho thận và tai. Không chỉ đinh dùng trong những bệnh của thị thần kinh vì nó có tác dụng xấu lên thị thần kinh. Các sulfamid cũng là những thuốc kìm khuẩn tốt, thường dùng trong nhiễm các loại vi khuẩn gram dương và gram âm và đặc biệt trong điều trị mắt hột.
Các kháng sinh diệt khuẩn hiện được sử dụng cả đường uống và đường tiêm là các penicilin (bao gồm cả các penicilin bán tổng hợp), các cephalosporin, aminozid (streptomycin, kanamycin, gentamycin, tobramycin và amikacin), vancomycin. Kháng sinh diệt khuẩn chỉ dùng tại chỗ (nhỏ và tra mắt) là bacitracin, neomycin và polimycin B.
Các kháng sinh kìm khuẩn hiện được sử dụng bao gồm tetracyclin, chloramphenicol, erythromycin, clindamycin và các sulfonamid được dùng trong nhãn khoa theo cả hai đường tại chỗ và toàn thân.
Một số chế phẩm tra, nhỏ mắt phối hợp kháng sinh có sẵn trên thị trường như: neomycin kết hợp với polymyxin B, bacitracin (dạng thuốc mỡ); polymyxin B và neomycin (dạng thuốc nước, mỡ); oxytetracyclin và polymyxin B (dạng thuốc mỡ), hay trimethoprim và polymyxin B (dạng thuốc mỡ)...