Lúc về hưu, Phùng Khắc Khoan đã tận tụy chỉ dẫn cho dân làng cách xây dựng hệ thống tưới tiêu, và đặc biệt, ông đã dạy cho dân Phùng Xá học nghề dệt vải, khiến cho dân Phùng Xá nổi tiếng với nghề thủ công đặc biệt này.

Ngày 10 tháng 4 năm Đinh Dậu (1597), triều đình cử một phái bộ sứ giả sang Trung Quốc để nạp cống và cầu phong. Chánh sứ của phái bộ này là Công Bộ Tả thị lang Phùng Khắc Khoan và Phó sứ là Thái thường Tự khanh Nguyễn Nhân Thiêm. Chuyến Bắc sứ này kéo dài tổng cộng gần một năm rưỡi và Phùng Khắc Khoan đã hoàn thành tốt đẹp phận sự của mình, để lại tiếng thơm ngàn đời trong sử sách. Sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục (Chính biên, quyển 30, tờ 26) chép như sau:

"Trước đây (chỉ tháng 4 năm 1597, vì đoạn này chép việc của tháng 12 năm 1598 - ND), sứ thần là Phùng Khắc Khoan đem phẩm vật sang Yên Kinh (Trung Quốc - ND) để cống nạp. Vua Minh rất bằng lòng, hạ chiếu phong vua Lê làm Đô thống sứ của An Nam Đô thống sứ ti, được cai quản nhân dân trong nước và được ban một quả ấn bằng bạc trên có khắc chữ An Nam, sai Phùng Khắc Khoan mang về. Phùng Khắc Khoan dâng sớ biện bác rằng:

- Họ Lê là dòng chính thống của nước An Nam, vì giận kẻ bề tôi là họ Mạc bạo ngược tiếm ngôi cướp nước, nên cam chịu nếm mật nằm gai, quyết chí khôi phục cơ nghiệp của tổ tông. Họ Mạc vốn đời đời làm tôi mà dám giết vua cướp nước, rõ là có tội với thiên triều mà vẫn được phong chức Đô thống một cách ám muội. Nay, họ Lê không phải là người có tội như họ Mạc mà vẫn phải nhận chức ngang với họ Mạc, thế nghĩa là sao? Xin bệ hạ soi xét lại. Vua Minh thấy thế, dụ bảo rằng:

- Chúa của ngươi không phải như họ Mạc, nhưng vì mới khôi phục được nước, lòng người chưa yên, thì hãy tạm nhận chức Đô thống, quản lí việc nước, sau sẽ gia phong cũng chưa muộn gì. 

Bấy giờ, Phùng Khắc Khoan mới chịu lạy nhận sắc phong mang về. Khi sứ bộ về đến Nam Quan, quan Tả Giang binh tuần đạo của nhà Minh là Trần Đôn Lâm, sai liêu thuộc là Vương Kiến Lập, nhân thể, đem công văn đến nước ta. Triều đình sai Hữu tướng là Hoàng Đình Ái và Thái bảo là Trịnh Nành, lo chuẩn bị nghi trượng để đón tiếp. Nhà vua thân hành sang sông (chỉ sông Hồng - ND), tới bến Bồ Đề lạy nhận chiếu thư và rước về nội điện. Khi thấy quả ấn (nhà Minh ban cho) là quả ấn làm bằng đồng mạ bạc, nhà vua liền sai viết tờ tấu thư, giao cho Vương Kiến Lập chuyển đạt lên vua Minh. Sau, vua nhà Minh sai quan lại đến đổi cho quả ấn khác". 

Sách Đại việt sử kí toàn thư (Bản kỉ tục biên, quyển 17, tờ 60-a) cho biết thêm: "(Phùng) Khắc Khoan đến Yên Kinh vào đúng tiết Vạn Thọ của vua Minh, nhân đó, ông làm ba chục bài thơ để mừng. Quan Anh Vũ điện Đại học sĩ, hàm Thiếu bảo, kiêm Thái tử Thái bảo, chức Lại Bộ thượng thư của nhà Minh là Trương Vị đem tập thơ Vạn Thọ ấy dâng lên. Vua Minh cầm bút phê rằng:

- Trẫm đọc thơ này, thấy rõ lòng thành của Phùng Khắc Khoan thật đáng khen ngợi.

Nói rồi, vua Minh sai người đưa xuống khắc in tập thơ (của Phùng Khắc Khoan) để lưu hành trong nước. Bấy giờ, sứ thần của Triều Tiên là Hình tào Tham phán Lý Toái Quang đề tựa cho tập thơ này”.  

Lời bàn: 

Trước Phùng Khắc Khoan, đã có không ít phái bộ sứ giả giữ phép không nghiêm, trên thì làm nhục mệnh vua, dưới thì rẻ rúng xã tắc.

Thời Phùng Khắc Khoan là thời nhà Lê mới hưng phục, ứng xử của phái bộ sứ giả lúc này, dẫu muốn hay không, cũng đều can hệ tới vận mệnh của nhà Lê. Đáng khen thay Phùng Khắc Khoan, người đã xứng đáng với niềm tin cậy của triều đình đương thời.

Dám thẳng thắn biện bác với cả thiên tử, Phùng Khắc Khoan đã tỏ được cái dũng của sứ thần, làm một lúc ba chục bài thơ hay. Phùng Khắc Khoan đã tỏ được năng lực phi thường của kẻ sĩ đất ngàn năm văn hiến. Kính thay!

Ngoại giao bao giờ cũng có những chi tiết rất tế nhị, nhưng cứ xem việc vua Minh ban sắc phong và ấn tín, cũng đủ biết ý đồ của họ thô bạo đến ngần nào. Cho nên, chỉ cần mơ hồ và bất cẩn, không chọn đúng bậc hiền tài để đi sứ, thì quả là chí nguy!

(Theo Việt sử giai thoại của Nguyễn Khắc Thuần)