Tháng 5/1957, trong một lần đi kiểm tra bộ đội diễn tập bên sông Đà, Chủ tịch Hồ Chí Minh nghỉ ăn cơm tại một khu đồi ở Đá Chông (Ba Vì, tỉnh Hà Tây cũ, nay thuộc Hà Nội). Thấy phong cảnh "sơn thủy hữu tình", khí hậu mát mẻ, thuận lợi cả về đường bộ, đường thủy và đường không, Bác ngỏ ý muốn chọn nơi đây làm khu căn cứ của Trung ương, đề phòng đế quốc Mỹ mở rộng chiến tranh phá hoại bằng không quân ra miền Bắc.

Ngôi nhà này được xây dựng từ tháng 9/1959 làm nơi làm việc và nghỉ ngơi của Hồ chủ tịch khi khu căn cứ Đá Chông bắt đầu hình thành. Cục Doanh trại (Tổng cục Hậu cần, Bộ Quốc phòng) thiết kế và xây dựng gồm 2 tầng phỏng theo mẫu nhà sàn giống ngôi nhà quen thuộc của Bác tại Hà Nội. Đặc biệt, Bác trực tiếp duyệt thiết kế, đặt hướng, cắm mốc xây dựng. Ngôi nhà hay được gọi bằng tên thân mật là "Nhà sàn".

Ngôi nhà có diện tích 275 m2, tầng 1 bố trí phòng họp có hệ thống cửa thoáng mát nhìn ra khuôn viên rợp bóng cây xanh. Trong những năm Mỹ đánh phá Hà Nội và các tỉnh miền Bắc, Hồ chủ tịch và Trung ương đã nhiều lần lên đây làm việc và nghỉ ngơi. Đây cũng là nơi Bộ chính trị từng họp bàn, quyết định nhiều vấn đề quan trọng của đất nước.

Phòng nghỉ của Chủ tịch Hồ Chí Minh trên tầng 2 của ngôi nhà. Đồ dùng trong phòng được bố trí giản dị, quen thuộc. Bên cạnh phòng nghỉ của Bác còn có 2 phòng nghỉ khác đẹp hơn nhưng để dành cho khách vì theo ý Bác, những thứ tốt, đồ dùng khá hơn thì nên để dành cho khách.

Góc làm việc của Hồ chủ tịch trong phòng nghỉ trên tầng 2, bàn ghế, vật dụng được bố trí giản dị, ngăn nắp.

Khi xây dựng "Nhà sàn", Bác yêu cầu đổ sỏi cuội xung quanh, thay vì lát gạch. Theo Bác, dùng sỏi giúp không gian quanh nhà mát hơn, vừa có tác dụng tạo tiếng động đề phòng trường hợp có thú dữ, biệt kích đi vào.

Hầm trú ẩn được bố trí cách "Nhà sàn" khoảng 10m, nguỵ trang khuất dưới những tán cây cổ thụ.

Khu nhà bếp, phòng ăn được bố trí tách biệt phía sau "Nhà sàn". Sau gần nửa thế kỷ, các vật dụng bên trong vẫn được lưu giữ gần như nguyên vẹn.

Phòng ăn rộng 17m2, bố trí bộ bàn ăn cho 6 người và 1 chiếc giá để chậu nước, khăn lau.

Trong phòng bếp, những kỷ vật như chiếc phin pha caphê, khay đựng, muôi canh... được gìn giữ cẩn thận, hầu như không có sự thay đổi so với trước đây.

Nhà làm việc của Chủ tịch Hồ Chí Minh được nối với nhà nhà bếp bằng lối đi có mái che. Cả khu nhà ẩn mình dưới những tán cây cổ thụ của khu rừng K9. Năm 1961, tại ngôi nhà này, Hồ chủ tịch đã tiếp bà Đặng Dĩnh Siêu (Phu nhân Thủ tướng Trung Quốc Chu Ân Lai). Năm 1962, Bác tiếp Anh hùng vũ trụ Liên Xô G.Titop.

Các lối đi lại đều được bố trí kín đáo dưới rừng cây rậm rạp. Khu căn cứ K9 còn có bãi đỗ cho máy bay trực thăng.

Khi Hồ chủ tịch qua đời ngày 2/9/1969, Bộ Chính trị và Quân ủy Trung ương quyết định chọn Khu căn cứ Đá Chông K9 làm nơi giữ gìn thi hài Bác vì đảm bảo yếu tố yên tĩnh, bí mật, thuận tiện giao thông.

Ngày 10/9/1969, công trình "Nhà kính" và "Hầm ngầm" được Bộ tư lệnh Công binh khởi công xây dựng, cải tạo để làm nhiệm vụ giữ gìn lâu dài thi hài Hồ chủ tịch. Công trình được hoàn thành ngày 15/12/1969.

Ngày 24/12/1969, thi hài Hồ chủ tịch được chuyển từ Hà Nội lên K9, khu căn cứ bắt đầu nhiệm vụ đặc biệt "Giữ yên giấc ngủ của Người". Trong giai đoạn này, Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh đang được xây dựng trên quảng trường Ba Đình lịch sử. Ngày 18/7/1975, thi hài Người được di chuyển về Lăng.

Tháng 11/2012, Thủ tướng quyết định thành lập Khu rừng bảo vệ cảnh quan đặc biệt Di tích lịch sử về Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Đá Chông, gọi tắt là Khu rừng K9. Hơn 1 năm sau, Nhà tưởng niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh được xây dựng. Công trình mang hình thức kiến trúc tuyền thống rộng 441 m2, cao 11,87 m, được xây dựng từ các vật liệu tiêu biểu của nhiều tỉnh thành Việt Nam.